Từ năm 2013, Đại học Duy Tân được Bộ Giáo dục & Đào tạo cấp phép đào tạo Tiến sĩ 2 ngành Quản trị Kinh doanh, Khoa học Máy tính, trở thành cơ sở giáo dục đại học ngoài công lập đầu tiên ở Việt Nam được đào tạo Tiến sĩ. Ngay sau đó, Đại học Duy Tân tiếp tục được cho phép đào tạo Tiến sĩ ngành Kế toán để cung cấp cho xã hội nguồn nhân lực chất lượng cao nhất trên cơ sở các chương trình đào tạo có chất lượng.